WordPressのインストール(Install)

WordPress XREA広告免除でのインストール

2007.06.01

配布先の確認
wordpress.xwd.jp/

サーバー移転法のCheck
www.google.com/search?q=wordpress+%88%DA%93]

XREAへのWordPressインストールで問題が起きていないかどうかGoogleで確認
www.google.com/search?q=xrea+wordpress

UTF-8での文字化けが問題になることがあるらしい。

確認した配布先からDownload
今回使用したVersionの情報
wordpress-2.2-multilingual-edition – [ Release Notes / Change Log ]
wordpress-me220.zip 1.2 MB 3552 2007-05-20 03:17 089ba2f123fd22158f4aa7864fdd7ec4

下記よりXREAでのサーバー管理画面に行く
www.value-domain.com/web.php

www.sXXX.xrea.com/jp/admin.cgi
などというURLのはず

左の管理メニューから「ファイルマネージャ」起動
wordpressというフォルダが自動的に作成されるので、インストールするフォルダの一階層上のフォルダを選択

左上の「アップロード」を選択
例としてexample.comのルートにアップロードしたとする

右の圧縮ファイルの[Browse…]から先ほどDownloadした「wordpress-me220.zip」を選択
左向き矢印の右にあるCheckマークをクリック

Upload/Unpackに成功したメッセージを確認

example.com/wordpressというフォルダが出来ていて、その中にファイルがあることを確認

example.com/wordpressというフォルダの名前を必要なら変更する。記事が出来てからフォルダ名を変更したらエラーになった。
ここでは変更しないとする

wordpressのフォルダ(上記で名前変更したならそのフォルダ、してなければexample.com/wordpress)のアクセス権を755→777に変更する

MySQLのデータベースを作るため左の管理メニューからデータベースを選択
MySQLの追加・編集という名のテーブルの左端のラジオボタンでデータベースを選択
username_の後に文字列を指定できるので例えばexample_となっていたらwpなど適当に追加する(example_wpとなる)
パスワードを入力、文字コードはEUC-JPよりUNICODEに変更、メモ欄には適当でよいがWordPressなどと記載
作成ボタンを押す。
これでデータベース名example_wp, ユーザー名example_wp、指定したパスワードのデータベースが出来上がる

example.com/wordpressにアクセスする

「こちらのウィザードを利用してサーバー上で wp-config.php を作成することができます。」
と表示されるので「ウィザード」をクリック

データベース名 example_wp
ユーザー名 example_wp
パスワード 指定したパスワード
ホスト名 localhost
テーブル接頭語 wp_

と入力する、データベース名とユーザー名は同じになる。パスワードはXREAでデータベースを作ったときに指定したもの。
ホスト名とテーブル接頭語はいじらない

ブログ名とemailの入力が促されるので適当に入力(どうせ後で変えられる)

指示されるままにログインすると管理画面に行く。

▼ 外国にいる人はこの設定必要
より「各種設定」タブに行き
サーバー設置地域と UTC との時差:を-5に設定(日本にいる人はデフォルトでOK)

▼ Movable Typeとどちらを長く利用するか迷っている人はこの設定を行う
各種設定>パーマリンク設定にて
独自表記を以下の入力欄に記述を選び
/%year%/%monthnum%/%postname%.html
とする。後は記事のタイトルに必ず(英文字)でスラッグと同じものを指定しておくようにすれば、MTとの完全互換が保たれる。

英文タイトル部分で用いた空白はスラッグでは用いず、Underscoreに替えて記入する

例:MovableTypeでは
フリーキック(free kick)
というタイトルからPermaLinkは
/2007/05/free_kick.html

となる。
WordPressではこの際にスラッグを
free_kick
とすれば上記の指定をしていればURLが同一になる。

再度example.com/wordpressなどWordPressが入っているフォルダのアクセス権を755に変更

追記(2007/6/24):
Useful URLs Prefer Hyphens to Separate Words
Principles – Well Designed Urls WiKi

これらの助言に従い、まだMovable Typeでの記事数が少ないこと、WordPressもというかWordPressの方が標準になっていることより、データの互換性・Import/Exportの心配は少ないと判断し.htmlは削除し、PermaLinkでの文字間はunderscore”_”の代わりにハイフン”-“を使うことに変更した。
つまりPermaLinkは
/2007/05/free-kick
とする。

論文を書く手順・日頃の準備(Publication)

データが出た時点で、そのFigureを論文投稿できる形にしてしまう。まず、Figureは全てPowerpointに貼り付ける

1. PoweropointでFigを作る場合の注意点

まず、どのくらいの大きさで作れば良いのだろうか?詳しく指定がある雑誌を見てみる

JCI – Information for authors
JEM — Information for Authors

JCIでは16 x 20cm以下でFigureを作れと書いてある
JEMでは1カラムの場合は8.25 x 23.5 cm以下、2カラムの場合は17.5 x 23.5cm以下でと書かれている。

PowerPointのデフォルトのサイズは25.4 x 19.05 cm (10 x 7.5 inch)なので縦幅は気にする必要は無い。

つまり1カラムでは幅8cm以下、2カラムでは16cm以下ぎりぎりに作ると良いことが分かり、縦幅はPowerPointの高さ以下にすればOKであることが分かる。

Powerpointの長方形ツールで適当に長方形を作り、それをダブルクリック、タブの「大きさ」で8 cm x 19 cmに変更し、これを2つ横につなげたものをスライドマスターに貼る。下記では背景を薄い灰色、長方形を白色で作っている。


このようにするとFigをどのぐらいの大きさで作れば良いのか分かる。Presentation用の資料なども予めこの大きさで作ってしまえば二度手間が無くなる。

また実際にPrintoutした場合に、それが実際の紙面上での大きさになるのでイメージが掴みやすい。

▼ 文字の大きさ

JEMでははっきりと10ポイント前後で文字は表示するようにと記載されている。Presentationではスライドの中では14~20ptぐらいが読みやすい。表題は28ptぐらい。本文中で24ポイントを超えると文章には適さなくなる。さあ、どうしたものか、スライドの大きさを替えるのが良さそう。

Prismでは大体70%縮小するとうまく入る。10 ÷ 0.714 = 14 なので、14ptでPrism上の文字の大きさは統一すれば良いことが分かる

PowerPointの図表で論文投稿

PowerPointはファイルの外部出力能力がお粗末。Cut&Pasteでは96dpiのイメージデータとなるので、とても使えない。

論文投稿に要求される解像度は300-400dpi以上であり、画像形式はTIFF, GIF, JPEG, EPSのみが許されるのが一般的である。

これに対応した画像を作るには幾つか方法がある。ベストと思われる方法から順に列挙する。

1.Adobe Acrobatの利用
Adobe Acrobat(Acrobat Readerではない)に同梱されるAcrobatDistillerを使ってPDFファイルを作成し、その後Acrobatでそのファイルを開き、別名保存を選択し保存する。

この方法が最も柔軟かつ綺麗な画像が保存できる。
ベクトルデータ:EPS、線画:GIF、写真:JPEG
が最も適していると思われる。
TIFFはファイルサイズが大きくなる傾向にあるが、非圧縮では最も汎用性高いので良く分からなければ全部TIFFでというのもありかと思われる。

広告無しの無料サーバー&サブドメイン(free server and domain)

以前登録していた無料サーバー(150MB)+無料サブドメインが閉じていたが、新規登録も含めて先ほど再開。無料版はまた閉じるかもしれないので、興味のある人はお早めに。特にテスト用ドメイン+サーバーや手軽な広告無し無料サーバーを探している人にお勧めです。

右下の「Sign up for a free hosting account…」から登録して見てください。なんの制約も無くいきなり使えます。インターフェースも洗練されていて、ローカルファイルのアップロードも簡単です。

Affordable Web Hosting By Pandela.com – Free Domain For Life

フリーでもEmail, Perl, PHP5, MySQLとかなりいけてます。XREAは50MBで広告あり。こちらは150MBで広告無し。結構良いかと。

Pandela.com – Premium VS Free Web Hosting

登録後、ログインし

MAIN MENU > Domain manager > Add subdomain

drop down menuで自分の気に入ったドメインとサブドメイン名の欄に何か好きな文字列を入れます。
5個まで自分の好きなサブドメインが登録できます。

次にVeiw subdomainsをクリックし、ファイルをアップロードしたいサブドメイン名の右横のMenuをクリックします。出てきたポップアップメニューからManage Filesをクリックします。(エラーメッセージがでることがありますが、エラーメッセージ中のGo Backをクリックするとファイルマネージャーになります。)後は自分のサブドメイン名のフォルダに好きなhtmlファイルなり何なりコンテンツをアップロードするだけです。

追記2007.7.6:
Pandela.comは1カ月おきに一々Loginしてアカウントの継続宣言をしないといけない。これは面倒。その点でこちらの方がお勧め。

論理的思考と人間の脳(logical thinking and human brain)

つい先日5才になった息子は初めて補助輪無しの自転車乗りを味わった。私は「左によろけたら右に、右によろけたら左に体重を移動させるのだぞ」と教え「ほら左に、ほら右に」と声をかけた。いつもは補助輪ありで全速力でニコニコしながら漕いでいる息子も、何ともうまくいかず不満そうな顔をした。

登 大遊@筑波大学情報学類の SoftEther VPN 日記

論理的思考の放棄

ITmedia News:Googleは機械翻訳を変革する

Googleがサイトで提供している翻訳サービスでは、膨大なデータの蓄積に基づいて翻訳を行わせる「統計的機械翻訳」手法を採用している。

私が補助輪無しの自転車を息子に教えようとしてうまくいかなかったことと、この二つのエントリーは共通する部分があるように私には感じた。

僕らが自転車に乗るとき、同じシチュエーションになることはありえない。同じ道を走っていても、日の照り方、歩行者の数と量、ありとあらゆる環境が異なる。何故うまく乗れるのか?私たちはSF映画の中に出てくるロボットのように経路と走行法を逐次、頭の中で総計算しているわけではない。過去の似たような状況の複合体記憶のゆれの中から現状のインプットを加えることにより少々ずらし、うまくいくであろうという筋肉の動きを体にアウトプット(指令)している。ここには論理的な計算は無く、例を挙げるとしたらシミュレーションに近い。しかもシミュレータの中身は論理的なプログラムではなく単純化された近似式で出来ている。それゆえ、異常なほどのスピードで正しい判断(アウトプット)ができるのである。登さんのエントリーの読者に反射という言葉を使っている方がいたが、この表現を「かすっている」と私は感じた。というのは「反射」は生物学的には均一のアウトプットを出すものであるが、人の脳はインプットに対応して「ずれた」反射を返せるからである。自転車乗りに限らず人の頭を介するほぼ全てのインプットとアウトプットはこのような過程を踏んでいる。

機械翻訳はかなり前から行われてきた。機械翻訳を単語という「要素」と文法という「プログラム」で組み立てようと初期の人は考えた。ところが、全くうまく行かない。論理的なアルゴリズムに基づいた翻訳は”Time flies like an arrow.”を「時間という名のハエは矢が好きだ」と「光陰矢のごとし」の後者が合っているということを分かる仕組みが組み込めない。どちらも文法的に全くあっているからである。話しは大きくなり、それでは人間の脳が持っている能力そのものが無ければ、文章の背景が分からず正確な翻訳など無理ではないか?即ち、機械翻訳はAI(人工知能)とほぼ同一のものを目指すしかないのではないかという流れが出てきた。GoogleがやろうとしていることはAIは大変すぎるが、要素とプログラム以上のものを速やかに産みだそうとしているように見える。これも機械翻訳をデータ領域とコード領域という論理的な区分けを便利に感じるようなコンピュータ側からみたものから、人間の脳の働き方にあわせたもの、つまり状況や生活背景を加味し状況にあわせてズレを感じながら過去に出力したものを軽く変更しながら出力しようというものである。

プロの翻訳家は同じ事をしている。単語や文法ではなく一連の文や節を保管してあり、同じ状況に出会ったときには僅かに言い回しを変えながら、そのままの文を使うのである。そこには論理は無く「何故なし」なのである。それゆえ「主語の単語がどれで、動詞はこう訳し」という作業は入らない。文章がかたまりとしてインプットされており、それを状況に応じて少しずらして出力するのである。手間は圧倒的に少ない。私たち両親はベタな日本人であるが、5歳になる息子は1才半からアメリカに住んでいるため家でも9割が英語である。母国語では無いため、私は単語と文法を基に頭の中で日本語から英語に翻訳する。しかし、それとは異なり彼の間違い方をみると単語も文法も無く、文章が音の塊として彼なりの構造でインプットされ、話すときにはそれをずらしてアウトプットされているのが分かり面白い。私よりはるかに流暢で正しい英語を話す。

下記のコメント「かすっているな」と感じた。かすっているというか、感覚的には分かっていつつ明文化、一般化できていなかったというところか。面白いので一つ一つ追っていきたい。

群雄割拠の地平線: 論理的に思考するな。感覚的思考上で論理計算せよ。

ちなみに、一人で完結する場合にもコーディングする以上、どこかで論理的な記述に変換が発生する筈だとも思えるが、実際はそうじゃない。慣れさえすればパターン化された抽象的記憶から自動的に、辞書を引くように、ひたすら単純作業で完結する。

上記で述べたことをこの方はプログラミングという場で表現している。しかし辞書を引いた場合には同じ結果しか返らないが、この方も単純作業とは言いつつも実際には状況にあわせて微妙に記憶から出てきたものに変化を加えて実際にはアウトプットしている。作業の方法が脳の特性に似ている。

Strange Currencies

「仕事」というのは、恐らく9割程度は他の仕事と反復している。でないと、それは仕事とは呼べない。完全に1回きりの行為というのは、恐らく何か別のものだろう。反復と言わずに、再現性だとか、構造化といった言葉を使った方が正確かもしれない。

同感。自転車を乗るときの筋肉の使い方はいつも9割9分は同じである。同じく恐らく全く新しい思考というものはありえない。何を考えるにしても、過去の経験の複合体から得られた出力候補の残りの1%程度を微妙に変化させることによって、目の前の状況に対応している。そこにいわゆるロジック(論理)は存在しない。

ありさわDS – 論理的思考の放棄の話

登さんが言っていることって、その高みに達しろってことだ。と思う。

「高みに達する」これもなかなか言い得て妙である。確かに多くの人がそう感じたかと。しかし登さんが言いたかったことは恐らく「その高みに達するのにせよAという考え方はやめてBという考え方にしたほうが良いよ」ということでは。言うならば「論理」という言葉が持つイメージは現在強調されすぎているので、そのイメージは全く無視するぐらいに振舞った方が良いというメッセージかと。

まったり日記&メモ帳

職人というイメージがこんなものなの

「職人」言葉の響きが「論理」と相反していることに今さら気付き面白い。現在、職人芸を形式知まで落とし込もうというプロジェクトが国家事業として行われているが、果たしてうまく行くのだろうか?人間の脳のバックアップはやはり人間の脳が最適の様に私には思えるが。

論理的思考を放棄するスーパープログラマーとモーツァルト – 永井孝尚のMM21 [ITmedia オルタナティブ・ブログ]

登さんがご自身の暗黙知を分かり易く形式知にして伝えていただければ、上記の観点で見てもこれは非常に価値があることだと思います。楽しみに待ちたいですね。

論理的でない頭の中の動きを論理的である形式知に落とし込むというのは逆説的だが、それをもってもなお同感である。私は登さんの「論理的に考えないこと」というメッセージを「行動や思考回路をなるべく本来人間の脳が持つ特性に合わせる」ことと受取ったが、どうだったのだろうか。今後の登さんのエントリーに注目したい。

息子にどう自転車を教えるべきだったのか。「左に傾いたから右!」などという「論理」は恐らく彼の上達を妨げたであろう。かるく補助しながら補助輪無しでひたすら走らせるなど、彼の中での自転車走行の経験(データベース)をなるべく増やしてやり、うまく行ったと きに「その感覚を忘れないように」と一言言うだけで良かったのではないか。私は自分自身にも「左に傾いたから右!」と掛け声をかけているのだろうか。しばらくのあいだ、自問してみることとしたい。

英語版Windows XpでのRegional and Language Optionsの設定

ラボのコンピュータは英語版Windowsである。GroupwiseというNovellのGroupwareを強制的に使わされている。文字化けしたりなんだり不便なのだが、人に聞かれること多いのでまとめておく。

まず、日本語はWindowsXpではデフォルトで対応しているので、以前のようにGlobalIMEなどをインストールする必要は無い。

コントロールパネルで、まずJapaneseを選択する。OKボタンを押すとWindows XpのCD-ROMが要求され、インストールが始まる。フォントなどサイズの大きいのはデフォルトではインストールされていないのだろう。

ちなみにIMEへの切り替えはAlt+Shift、IME上での日本語、英語の切り替えはAlt+~「キーボードの左上、通常はESCの真下」である。後者を知らない人が多いので参考までに。

これによりメールクライアント(私の場合Groupwise)などでOS上のデフォルトの文字コードがISO-2022-JPすなわちJISとなり受け取り側でおかしくなることが無くなる。文字化けの原因がここであることが分かるまで時間かかった。

次に困るのが、デフォルトをJapaneseにすると日付の表示などが日本語になるので、Excelなどでデフォルトが10/20/2006ではなく2006/10/20になってしまう。これを防ぐには下記の図のように日付などのフォーマットをマニュアルで直してやる必要がある。

061020_144459_RegionLanguage.GIF

061106_201448_RegionLanguage.GIF

HSC Expansion, 造血幹細胞増幅

2003年時点での記憶なので今や少々古い情報かもしれないがまとめておく
遺伝子導入したHSCでの増幅はaNotch1, BCR/ABL, RBP-Jk, HoxB4があったように思う。
が、殆ど癌化遺伝子なのであまり興味は無いし臨床応用も先ず不可能。

そうなるとexogenous factorということになる。

少々脱線して何故こんなことを調べたかというと、ノックアウトマウスの表現形レスキューにretrovirusで遺伝子をHSCに導入しようと思い、5-FU法やその他簡単かと思ったがそうでもない。元細胞がコンディショナルノックアウトマウス由来だとするとB6マウスを10匹さばいて、、、のように大量にHSCを取ることも出来ない。

そんなときに調べたのがきっかけで結局次のペーパーとなった。要はaFGF-1でHSCを増幅してretrovirusで遺伝子導入してやろうというもの。

Hematopoietic stem cells expanded by fibroblast growth factor-1 are excellent targets for retrovirus-mediated gene delivery. Exp Hematol 2005;33(12):1459-69

で、元となった論文は
In vitro generation of long-term repopulating hematopoietic stem cells by fibroblast growth factor-1. Dev Cell 2003;4(2):241-51

その頃、遺伝子導入ではなく外から振りかけてHSC増幅できるものはWnt3aとHoxB4があったが、purificationが難しい、実験の再現が取れないという話があった。実際にWnt3aはBCL2-Tgではなく通常のB6でのHSC増幅(なぜかSupplemental Data)は再現が取れないと本人が認めているといううわさもあり、某製薬会社でも再現取れなかったとの事。

Wnt3a:
A role for Wnt signalling in self-renewal of haematopoietic stem cells. Nature 2003;423(6938):409-14

HoxB4:
Ex vivo expansion of human hematopoietic stem cells by direct delivery of the HOXB4 homeoprotein. Nat Med 2003;9(11):1423-7

In vitro expansion of hematopoietic stem cells by recombinant TAT-HOXB4 protein. Nat Med 2003;9(11):1428-32

ところがaFGF1ならInvitrogenでお安く簡単に入手できる。何よりDevelopmental Cellのデータがかなり凄いことになっていた。せいぜい数倍から数十倍というのが上記の名高いJournalに載った論文のデータだったが、それよりも遥かに良くExpandしているように見えた。

で、実験してみると驚くほどに良く増えた。一緒に実験した同僚は縁あってこの元論文の研究室への就職が決まってヨーロッパに戻った。ヒトのHSCでも試しているとのことで、うまく行きはしないかと期待している。

今日先輩に紹介してもらった論文ではzebrafishのFGFがヒト細胞に効果的らしい、もしかして使えないか?
Feeder-independent culture of human embryonic stem cells. Nat Methods 2006;3(8):637-646

そもそも数倍や数十倍ならば臨床の現場では有用とは言いがたいように思うが、数千、数万倍ということになると話は別である。色々妄想は膨らむ。どうなることやら、楽しみな分野の一つである。

正確な時刻を知るには

humanclock.com

ラボではコンピュータの時計が10分ほど進められている。NTP server使って定期的に直そうとしたがダメ、自動的に書き換わっているところをみると、うちのラボでは恐らくネットワーク上のバックアップのためか意図的に時計を進めているらしい。

正確な時刻があるWeb Site無いかなと探したが、結構無いもので大抵ローカルのコンピュータの内部時計を参照している。

そんなときに出会ったのが、このホームページ。意図は違うのだが、今使っているコンピュータが保持している時計無いように関わらず正確な時刻が分かる。それ以外にもその意図するところ、コマーシャルフリーなところ。とても気に入った。

http://japanese.engadget.com/
ここで見つけた。

追記 2006.12.29
面白くも何ともないが、とても便利なサイトを見つけた。
JST Clock
独立行政法人情報通信研究機構は日本標準時を決定・維持しています。
本ページのシステム(JavaScript版)は、NTP(Network Time Protocol)によりWWWサーバの時計を日本標準時に合わせ、その時刻を表示しています。
利用者側からのアクセス時にWWWサーバの時刻情報が取得され、ブラウザ側の時計表示が自走する仕組みになっています。

厳選、お勧めのソフトウェア(フリーウェアなど)

▼ FAX受信
D-FAX
もう何年も使っている。相手には普通に取得したFAXの電話番号を教えるだけ。設定した自分のメールの添付文書として届く。枚数制限は添付書類の容量制限次第。20KB~200KB/1枚、Gmailなら1メールの上限サイズは10MBなので10MB/20KB~200KB = 50~500枚送れるということになる。大抵問題にならないでしょう。無料。

▼ スケジュール管理
Google Calendar
他にもkikoなど非常に優秀なものもあり、7種類ぐらい試してみたが、、、Googleさすがである。何というか底力を感じさせる。自由文入力は便利、予定を入れたい日をクリックし「3pm meeting with boss」でEnterを押せば、入力終了。デフォルトでは10分前にポップアップで知らせてくれる。他人との共有も便利、他の人の入力と自動的に色分けしてくれるので快適。今から2週間表示などが微妙に便利。簡単に使え、使い込むほどカスタマイズ可能で便利になる。操作性にうるさいGoogle社内で練り上げるからここまで仕上がるのだろう。

▼ メール
Gmail
gmailを使っていることを送信先には意識させないで今までと同じ環境を維持できる。ローカルのメーラーはバックアップソフトの機能しか意味をなさなくなってしまった。

▼ 写真の整理
Picasa
Hello
インストール・使用方法

子供の写真を簡単に親などに送りたいときにはこのシステムが最適かと。

▼ 動画の整理
FolderShare

ちなみに動画を撮るための2006.4.8現在最もお勧めのビデオカメラはSANYO Xacti DMX-C6
バランスを考えると競合品が世界中に全く存在しない稀有な存在である。

* バランスとは動画の規格(mpeg4)、画質とファイルサイズ(mediaplayerの転送スピードなどを考えると最適)、軽さ・手軽さ、通常デジカメとして問題なく使える(ビデオカメラとデジカメが一台で済む)のことである。出産など何かの節目には是非これを選択すると良いと思う。

これとBuffalo PC-P3LAN/DVDで快適なビデオライフを送っている。DVビデオを使用していたときと隔世の感がある。DMX-C6で撮って、USB接続でコンピュータにファイルをコピーすればもう保存は終了、いつでもTVですぐに鑑賞できる。

複数のコンピュータさらにソーシャルブックマークともブックマークを同期させる(Bookmark)

このリンクの★印を参照のこと。ブラウザはFireFox。私個人はGmailとの相性、またこの機能実現のため、Sleipnirから乗り換えた。もちろん、各コンピュータ特有のブックマークも作成可能。すばらしい。

Firefoxでのそれ以外の便利な機能についても★印にまとめてある。